Il Dipartimento opera nei seguenti Centri di Ricerca e Uffici territoriali ENEA in Italia: Casaccia, Saluggia, Ispra, Bologna, Faenza, Brasimone, Pisa, Santa Teresa, Roma, Frascati, Trisaia, Brindisi, Palermo, Lampedusa e presso la Struttura di Ricerca Congiunta (SRC) Enea-Università di Catania.

La sede dell'ENEA è in Roma.

Un Liaison Office dell'ENEA è presente anche a Bruxelles.